Функция организации состоит в установлении постоянных и временных взаимоотношений между всеми подразделениями логистической организации, определении порядка и условий функционирования. Это процесс объединения людей и средств для достижения поставленных логистической организацией целей.

По этому поводу Альбен Янгер (Alben R.Janger) сказал: "То единственное обстоятельство, что схема организации - это, по сути дела, средство для уяснения картины распределения полномочий, во многом объясняет ее полезность". Для построения логистической структуры можно использовать одну из типовых оргструктур: линейную, функциональную, матричную, дивизиональную и др. Классики менеджмента указывали, что в организации каждая функциональная единица (отделение, отдел или сектор) обязана выполнять часть общей работы. А каждая такая часть необходима для достижения общих целей организации.

Исследования эволюции организационных структур логистической деятельности в компании показали, что они, как правило, проходят в своем развитии три стадии. Первая стадия - это структура традиционного плана. Основная функция логистики на этом этапе - доставка продукции какой-либо компании в розничную сеть. На этой стадии логистические функции распылены между различными подразделениями, однако появляются тенденции к объединению логистических функций в организационные подсистемы.